Perjalanan RS Persahabatan dimulai pada periode awal tahun 1963 – 1975. Pada periode awal ini RS Persahabatan merupakan cabang (satelit) RSUP Dr. Cipto Mangunkusumo (RSCM).
Tenaga medis yang bertugas di RS Persahabatan selama periode ini terdiri dari dokter spesialis dan dokter asisten dari RSCM-FKUI serta dokter ahli dari Rusia. Setelah peristiwa G30S, sesuai kebijakan Orde Baru, semua dokter ahli dari Rusia dikembalikan ke negaranya masing-masing.
Mengutip laman RS Persahabatan, periode 1975-1992 ditandai dengan perubahan “status” RS Persahabatan menjadi RS Mandiri, lepas dari RSCM, kemudian menjadi Rumah Sakit Umum (RSU) kelas B-3 di wilayah Jakarta Timur.
Meski begitu, RS Persahabatan tetap menjadi salah satu RS Pendidikan FKUI, terlepas dari statusnya yang mandiri.
Rumah Sakit Rujukan Nasional Penyakit Paru
Beberapa dokter yang sebelumnya berasal dari RSCM, kemudian mengkhususkan, mempelajari, dan mengembangkan cabang ilmu kedokteran di bidang respirasi (sistem dan organ pernafasan) – seperti pulmonologi, bedah toraks, patologi pernafasan, radiologi pernafasan – akhirnya bisa menjalin Persahabatan Rumah Sakit Umum sebagai rumah sakit. Rujukan nasional penyakit paru
Tidak hanya di tingkat nasional, WHO bahkan memberikan pengakuan internasional atas prestasi para dokter RS Persahabatan dengan mensertifikasi Laboratorium Kuman Tuberkulosis RS Persahabatan sebagai salah satu “Pusat Kolaborasi” penting WHO.