Tanda dan gejala awal infeksi virus Nipah tidak spesifik dan sering kali tidak dicurigai sebagai infeksi akibat virus Nipah pada saat pertama kali muncul.
Hal ini dapat menghambat diagnosis yang akurat dan menciptakan tantangan dalam deteksi wabah, tindakan pengendalian infeksi yang efektif dan tepat waktu, serta aktivitas respons wabah.
Selain itu, kualitas, kuantitas, jenis, waktu pengambilan sampel klinis, dan waktu yang diperlukan untuk memindahkan sampel ke laboratorium dapat mempengaruhi keakuratan hasil laboratorium.
Infeksi virus Nipah dapat didiagnosis berdasarkan riwayat klinis selama fase akut dan masa pemulihan penyakit. Tes utama yang digunakan adalah reaksi berantai polimerase waktu nyata (RT-PCR) dari cairan tubuh dan deteksi antibodi melalui uji imunosorben terkait enzim (ELISA).
Tes lain yang digunakan meliputi uji reaksi berantai polimerase (PCR), dan isolasi virus dengan kultur sel.